De haven, in zijn huidige vormgeving aangelegd en ontstaan in 1685, is altijd in gebruik geweest als handelshaven en overslaghaven voor agrarische producten. Het is één van de weinige havens nog in oorspronkelijke staat in de gemeente Tholen.

​

De haven heeft een historische waarde en behoort tot ons cultureel erfgoed. Eigenlijk schept het enige verbazing dat deze haven nooit in gebruik is geweest voor visserij, immers voor de deur liggen rijke visgronden en geschikte gronden voor mossel- en oesterkwekerijen. Dit is door de vroegere bevolking nooit opgepakt om in de levensbehoefte te voorzien. Het is overgelaten aan vissers uit Bruinisse, Tholen en Yerseke.

De oesterpercelen zijn door de strenge winter in 1963 geheel vernield en net als overal in de Oosterschelde nooit meer in zijn oorspronkelijke vorm terug gekomen. De meeste percelen zijn nu overwoekerd met de Japanse oester of kreuzen.

​

Na de oorlog tot begin jaren 70 is de haven voor de bietencampagne en overslag van graan, het afvoeren van aardappelen en aanvoeren van kunstmest gebruikt. Ook bij de watersnoodramp van 1953 heeft de haven een belangrijke rol gespeeld.
Bewoners van Stavenisse zijn met vrachtschepen naar Tholen of elders gebracht en van daaruit verder Nederland in geëvacueerd. Bij de herstelwerkzaamheden van de dijken en de latere herverkaveling, is veel zand, grind en slakken voor de aanleg van wegen via de haven rond Stavenisse en verder Tholen op getransporteerd. Tijdens het uitvoeren van deze werkzaamheden lagen ook een vijftal woonarken in de haven voor de opzichters en uitvoerders van de werkzaamheden die daar hun tijdelijke woning kregen toegewezen. Nadat deze werkzaamheden waren voltooid, bleef alleen de bieten campagne over. In de jaren zeventig werd ook hiermee gestopt, omdat het transport werd overgenomen door vrachtwagens die rechtstreeks van de boer naar de fabriek reden.

 

Tijdens het opstellen van de Deltaplannen is besloten de zwakke schakels in de zeewering te versterken. Besloten werd, dat de havens van Scherpenisse, Sint Maartensdijk en Stavenisse de zwakke punten waren. Uit het oogpunt van kostenoverweging moesten deze worden afgesloten. Met name in Scherpenisse en Stavenisse heeft de gehele bevolking hier tegen actie gevoerd. Ook een in het dorp bekende schippersfamilie heeft hier bij een cruciale rol gespeeld. Het besluit voor Stavenisse is herzien en de haven mocht open blijven, maar zou worden voorzien van de huidige keersluis.

​

De gemeente Stavenisse tracht dan al iets met de recreatie op te starten. De eerste bootjes verschenen in de jaren zestig en op Stavenisse waren ze van mening daar iets mee te moeten doen. De gemeente kocht een aantal pontons van het leger, daar mocht de gebruiker zijn bootje in het zomerseizoen aanleggen. In de winter werden deze pontons verwijderd voor onderhoud en in het voorjaar werden deze weer terug gelegd. Ook een particulier kreeg toestemming een drijvend steiger in de haven te bevestigen. Oliedrums en een brugdek van hout waren het eerste drijvende steiger. Hier was de mogelijkheid om een drietal scheepjes af te meren. Na de samenvoeging tot de gemeente Tholen is half de jaren zeventig besloten om het grootste gedeelte voor de recreatie te gaan benutten. 176 ligplaatsen zijn er aangelegd. Het gedeelte handelshaven werd teruggebracht tot het voorste gedeelte en afgestemd op de binnenvaart die daar nog kon afmeren voor familiebezoek en ook nog een enkele keer voor de overslag en vervoer van graan. De toegestane lengte voor de binnenvaart was 55 meter, toen de grootste thuisschipper met als wal en thuisadres Stavenisse. 

​

In 2003 is bij de gemeente Tholen het besluit genomen om de handelshavens af te stoten en de haven nagenoeg helemaal geschikt te maken voor de recreatievaart. Zo krijgt de haven van Stavenisse een nieuwe bestemming en draagt bij aan de leefbaarheid van de dorpskern. Vele inwoners bevinden zich dagelijks of in het weekend op de haven, hetzij voor een wandeling of bij hun boot. Anno 2015 is de haven van Stavenisse tot in de wijde omgeving en buiten Nederland bekend geraakt vooral in  België en Duitsland. Veel sportvissers en andere watersporters hebben hun bootje in de haven van Stavenisse afgemeerd.